虽然年吞吐量已经连续三年为全球第一，但上海港的烦恼依然不少。
上海外高桥保税区到外环周边的马路上随处可见马士基、APL(美国总统轮船中外运)的集卡车来车往，不过，这并不意味着繁盛。“没有看到有些集装箱的门都被开着吗？不少是空箱呢。”一位将车停在路边的马士基货运司机说，“我们还有很多空箱停在码头的堆场。” 根据上海港最新公布的数据，2009年上海港货物吞吐量完成5.92亿吨，同比增长1.8%；集装箱吞吐量完成2500.1万标准箱。
知情人士透露，2009年上海港港口的空箱累计堆放量不下2000万标准集装箱。需要注意的 是，因为统计数据的标准问题，并不是所有空箱都算吞吐量(按统计方法，只有从一个码头靠泊之后再到本地码头才算吞吐量，如果从陆路运过来的，不算吞吐量)。
不过，空箱，成堆的空箱……依然让人忧虑。
意味 在外高桥港口的空箱堆放区域，按设置可堆放四层的空箱已经堆至六层。虽然占有“空箱”能为港口在经济好转时抢得先机，但大量的空箱仍然引发了人们对数据含水分的猜测。外媒曾援引外籍班轮公司的负责人称上海港的吞吐数据可能存在水分。不过，在中国，从一个码头靠泊到本地码头的空箱是允许被计算入吞吐口径的。“因此，一般码头不会对外公布真实的空箱比例。”上港集团内部人士透露。
知情人士称，产生空箱最主要原因是贸易结构不平衡所带来的，美国出口中国的多是技术含量较高的产品，而中国出口美国的却多以传统加工型产品为主，这就很容易产生运到美国100箱，回程只有70箱的情况。” “空箱总体上肯定是增加了，因为贸易在减少。但总体空箱百分比不一定增加，因为美国出口下降得比较少，进口下降得比较多。”上海海事大学教授徐剑华说。
另一方面，空箱也是港口争夺战中重要的一部分。
自2009年初，上海港对船公司实行免费堆放空箱的商务计划后，船公司纷纷将可选择周边港靠泊的空箱留在了上海港。
“这其中有部分从码头靠泊过来的空箱量一定会推高吞吐量。”一位不愿意透露姓名的航运人士称，“但此举另外的意义在于，吸引空箱堆放可以使船公司在货量回暖时，尽可能地选择上海港作为始发港。” 竞争 而空箱现象背后更深层的原因是港口建设。
中国的港口在2009年由于政府出手制定公约，稳定费率，既避免了港口间的过度价格竞争，也逃脱了全球范围内船公司大佬们全面亏损的厄运。这几乎形成了鲜明对比——“如果没有政府的干预，像此前洋山港和宁波港地理位置如此近的价格战在外贸遭受严重打击时，更可能随时在各地上演。” 一直以来，各地政府都靠以港兴市作为带动贸易发展的一个重要目标。江苏江阴和张家港码头仅相隔5000米不到的情况在各地屡见不鲜。仅在江苏境内，就有包括太仓、常熟、镇江、南京，一路延伸至江北的南通等地不下几十个港口。“珠三角这样的问题更为严重。” 码头供给在盛世不断增多。而一旦危机到来，产能过剩的局面就凸显无疑。港口吞吐量与腹地贸易需求之间的匹配程度被认为是衡量港口是否产能过剩的重要指标。
“上海港的货量增速也正在逐年放慢。港口需求从短期来看，很难恢复。”中国航运专家吴明华说，“原来预期到2012年，上海港整体吞吐量达到3000万标箱。金融危机以来，整体出现了12%的下滑。2007年前，我们的年增长都在20%以上，最好的时候25%-30%都有过。” 吴明华还担心，产业正在由现在长三角转移到中西部，转移到越南，上海港面临增长方式的转型。“亚洲港口都有以吞吐量作为重要参考指标的。但这种粗放式的发展是否具有可持续性？” “上海港的总体产能并未饱和，甚至已经出现过剩。”一位上港集团内部人士表示。
